Фамилия Санпитер — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет очевидное иноязычное происхождение. Она образована от топонима или прозвища, восходящего к названию города Санкт-Петербург. В основе лежит народное, сокращённое произношение — «Сан-Питер», где «Сан» от «санкт» (святой), а «Питер» — английское или просторечное название города. Фамилия закрепилась в форме, характерной для русской модели: без окончания -бург, с усечением до основы, к которой добавился типичный русский суффикс принадлежности.

Суффикс -ер (Санпитер) в данном случае не является стандартным русским фамильным суффиксом. Он попал в фамилию из самого топонима: «Питер» — это уже готовая основа. Таким образом, фамилия Санпитер — это не столько производное от имени (как, например, Иванов), сколько застывшее прозвище, данное человеку по месту жительства или происхождения. Носитель фамилии — тот, кто «из Сан-Питера», то есть петербуржец.

Подобные фамилии, образованные от названий городов в упрощённой форме, встречаются, но крайне редки. Обычно выходцы из Петербурга получали фамилии Петербургский, Петербуржцев или просто Петров. Санпитер — вариант, который мог возникнуть в среде простого населения, не склонного к официальным формам, или у людей, имевших дело с иностранцами, называвшими город «Санкт-Питерсбург». В любом случае, фамилия прямо указывает на связь предка с Северной столицей, причём связь не бюрократическую, а бытовую, народную.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. В ней нет привычного -ов, -ев или -ин. Это так называемая «нулевая» модель, когда основа сама становится фамилией без дополнительного суффикса (как, например, фамилии Гоголь или Соловей). Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Санпитер — самый лаконичный вариант: есть более длинные Санкт-Петербургский, Питерский, но Санпитер звучит как прозвище-скороговорка.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии не был дворянином или высокопоставленным чиновником: такие люди записывались под полными, официальными фамилиями. Санпитер — фамилия скорее мещанская или крестьянская, возникшая в среде тех, кто переехал в Петербург на заработки или был приписан к городу, но в документах получил краткое, «уличное» прозвище, которое со временем закрепилось.