Фамилия Сантатова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно прежде всего разобрать суффиксальную модель. Окончание -ова указывает на принадлежность к женскому роду (жена или дочь Сантатова), а основа — Сантат-. Это нестандартный вариант: в русских фамилиях чаще встречаются суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский, но здесь мы видим формант -ов, присоединённый к основе, которая сама по себе выглядит как глагольная форма или краткое причастие.

Наиболее вероятная версия — связь с диалектным глаголом «сантать» или «сантаться». В говорах русского Севера и Сибири это слово означало «шататься без дела», «бродить», «слоняться». Соответственно, «Сантат» — это прозвище человека, который любил побродить, вел бродячий образ жизни или просто был непоседой. Суффикс -ов в таком случае образован по модели «Сантат → Сантатов» (чей? — сын Сантата). Женская форма Сантатова сохранилась в документах как фамилия вдовы или дочери, а позже закрепилась за родом.

Менее правдоподобная версия — происхождение от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть корень «сан» (число, почёт, слава) и «тат» (вкус, сладость, а также название народа). Однако фамилия Сантатова нехарактерна для тюркского ареала: типичные тюркские фамилии оканчиваются на -ов/-ев, но основа обычно не имеет такого сочетания. Скорее всего, это местное русское прозвище, записанное в северных губерниях.

География фамилии узкая. По данным современных справочников, носители Сантатовых встречаются в основном в Архангельской области и Республике Коми — как раз там, где бытовал глагол «сантать». В метрических книгах XIX века можно найти записи о крестьянах и мещанах с этой фамилией в Холмогорском и Шенкурском уездах. Социальный контекст: фамилия явно недворянская, возникла в среде свободных крестьян или посадских людей. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано — это редкий локальный род.