Фамилия Сантнанеева — редкая и не сразу поддающаяся разбору. Её основа, суффикс и окончание сразу выдают, что перед нами фамилия, образованная от женского имени или прозвища по модели на -еев/-еева. Такое окончание (с двойным «е») встречается реже, чем стандартное -ов/-ев, и обычно указывает на вариант написания или региональную особенность: в некоторых говорах окончание -еев закреплялось за фамилиями, произведёнными от основ на -ей, -ай или -ий.

Центральная загадка — корень «Сантнане». Первая часть, «Сант», может восходить к латинскому sanctus («святой») — через церковные имена или прозвища. Вторая часть, «нане», вероятно, является формой женского имени Нанна (уменьшительное от Анна, Иоанна или редкого имени Нан). Однако в русской ономастике такая конструкция нестандартна: обычно фамилии на -еев образуются от полных имён (Андреев, Матвеев), а не от сращений. Поэтому наиболее правдоподобна версия, что Сантнанеева — это фамилия, возникшая в среде, где смешивались языки и традиции именования, например, на юге России, в Поволжье или в среде старообрядцев, которые иногда заимствовали имена из латинских и греческих календарей.

Можно предположить, что исходное прозвище — Сант-Наня или Сантнаня — означало «святая Наня» (Наня — народная форма имени Анна). Так могли называть женщину, отличавшуюся особой набожностью, или же это было шутливое прозвище, данное в насмешку. Фамилия закрепилась за её потомками, и со временем, при записи в документах, форма Сантнанеева (с суффиксом -еев) вытеснила первоначальное Сантнанин. География фамилии невелика: по открытым данным, носители встречаются в основном в центральной России и единично в Сибири, что подтверждает версию о локальном, а не массовом происхождении.

Таким образом, Сантнанеева — фамилия-загадка, скорее всего, женская по происхождению (от прозвища матери или бабушки), с возможным латинским или церковным следом. Точных данных о сословной принадлежности предков нет, но редкость фамилии указывает на то, что её носители не принадлежали к многочисленным дворянским или крестьянским родам с типовыми фамилиями.