Фамилия Саперкина — женская форма фамилии Саперкин, и её разбор стоит начать с суффикса -ин. В русской ономастике это один из самых распространённых патронимических суффиксов, указывающий на принадлежность: «чей?» — Саперкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Сапёрка. Основа здесь — не военная специальность «сапёр» в современном смысле (минёр, подрывник), а более древнее и бытовое значение.

В русских говорах слово «сапёр» (или «сапёра») могло означать не только солдата инженерных войск, но и человека, который «сапает» — копает, роет, работает заступом. В словаре Даля «сапить» значит «копать, рыть», а «сапа» — мотыга или заступ. Таким образом, прозвище Сапёрка могли дать землекопу, копальщику канав или даже кладоискателю. Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с глаголом «сапить» в значении «сопеть, тяжело дышать» (от слова «сап» — одышка), то есть прозвище могло относиться к человеку с тяжёлым дыханием.

Суффикс -к- в основе Сапёрка типичен для просторечных, уменьшительно-обиходных форм имён и прозвищ в XVI–XVII веках. В переписных книгах того времени встречаются крестьяне и посадские с прозвищами Сапёр, Сапор, но фамилия Саперкин фиксируется позже, уже в XIX веке, преимущественно в центральных и южных губерниях России — Тульской, Рязанской, Воронежской. География подсказывает, что предки Саперкиных, скорее всего, были не дворянами, а крестьянами или мещанами, занятыми земляными работами. В отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев, которые могли образовываться от полных форм имён, Саперкин — типичная «прозвищная» фамилия, где основа напрямую отражает занятие или особенность первого носителя.

В современном контексте фамилия Саперкина звучит нечасто, но её корень легко спутать с военным термином. Однако этимология упрямо возвращает нас к лопате и мотыге, а не к взрывчатке.