Фамилия Сапкенова имеет казахское происхождение и образована по типичной для тюркских народов модели: к основе, восходящей к личному имени или прозвищу, добавляется притяжательный аффикс -ов/-ев, а затем — женский суффикс -а. В казахской ономастике такие фамилии указывают на принадлежность к роду или отцу: Сапкенова означает «дочь (или жена) Сапкена».

Корень «Сапкен» — это мужское имя, которое, скорее всего, имеет сложную структуру. Первая часть «сап» в тюркских языках может означать «чистый», «отборный», «настоящий» (ср. казахское «сап» — «суть», «основа»). Вторая часть «кен» — распространённый компонент в тюркских именах, означающий «широкий», «просторный», а в переносном смысле — «богатый», «обильный». Таким образом, имя Сапкен могло трактоваться как «чистый и просторный» или «истинное богатство» — пожелательное имя, которое родители давали сыну в надежде на его благополучную судьбу.

Встречается также версия, что основа восходит к казахскому слову «сапқын» — «прохладный», «свежий». В таком случае прозвище Сапкен могло относиться к человеку со спокойным, уравновешенным нравом, «прохладному» в общении. Однако лингвистически более вероятна первая версия, так как в фамилии закрепилось написание «Сапкен», а не «Сапкын», что типично для имён с компонентом «кен».

Фамилия распространена среди казахов, особенно в южных и западных регионах Казахстана. Встречается она и у других тюркских народов, но реже. Поскольку фамилия образована от имени, а не от профессии или места, её носители в прошлом не принадлежали к какому-то одному сословию: «Сапкеновыми» могли быть и скотоводы, и воины, и ремесленники — всех объединяло лишь имя предка.