Фамилия Савдученко — характерный пример восточноукраинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась по всей Левобережной Украине и южным уездам России. Суффикс -енко здесь означает «маленький», «сын» или «потомок»: Савдученко — буквально «сын Савдука». Модель типична для казачьих и крестьянских фамилий, где отчество на -енко закреплялось как наследственное.

Основа фамилии — Савдук. Это народная форма канонического имени Савва, восходящего к древнееврейскому «сабба» (старец, дед). В украинской и южнорусской среде имя Савва давало множество производных: Савка, Савко, Савоня, а также Савдук — с суффиксом -ук, который в западных и центральных областях Украины указывал на принадлежность («Савдуков»). При переходе на -енко фамилия получила более «младшее» значение, чем исходное отчество на -ук.

География фамилии тяготеет к современным Сумской, Полтавской и Черкасской областям, а также к Кубани и Ставрополью — регионам, куда в XIX веке переселялись украинские крестьяне. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Савдученко встречаются в основном среди государственных крестьян и казаков, реже — среди мещан. Это указывает на непривилегированное происхождение: дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В написании возможны варианты: Савдученко и, реже, Савдученко с двумя «ч» (под влиянием русской орфографии). Но исходная форма — с одним «ч», так как суффикс -енко в украинском языке не удваивает согласную. Других версий происхождения, кроме имени Савва, у фамилии нет: попытки связать её с тюркским «савду» (торговля) или греческим «савдус» (святой) — натяжки без опоры на реальные говоры и документы.