Фамилия Сайфенова — женская форма фамилии Сайфенов. Её основа восходит к арабскому имени Сайф (Сайф ад-Дин), что означает «меч веры» или «меч религии». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя Сайфуллин или Сайфетдинов встречается часто, но форма Сайфенов — более редкая и локальная. Скорее всего, она образована от имени Сайфен, которое является стяжённым вариантом составного имени Сайф ад-Дин (с отпадением конечного «ад-Дин»). Такое сокращение характерно для разговорной речи в Поволжье и Приуралье: имя произносили быстро, и оно утратило часть звуков.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от тюркских основ. В данном случае это не отчество в прямом смысле, а указание на принадлежность: «сын Сайфена». Если бы фамилия формировалась по татарской традиции, она звучала бы как Сайфенов (без суффикса) или Сайфен улы, но русская патронимическая модель закрепила форму с -ов. Встречается фамилия преимущественно в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области, где были сильны мусульманские традиции и одновременно шла русификация документов.

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века фамилию могли записывать как Сайфенов с двумя «н» (Сайфеннов), что отражает попытку передать долгий звук в тюркском произношении. Однако современное написание закрепилось с одной «н», что делает фамилию более редкой по сравнению с распространёнными Сайфуллиными или Сайфетдиновыми. Носители фамилии Сайфенова, скорее всего, потомки людей, чей предок носил имя Сайфен — возможно, уважаемого в общине человека, чьё имя было связано с воинской доблестью или религиозным служением.

Поскольку фамилия не принадлежит к числу массовых, её носители могут иметь общее родовое гнездо — например, в одном из сёл Кукморского или Азнакаевского районов Татарстана. Точных данных о дворянском или крестьянском происхождении нет, но по модели образования (суффикс -ов, а не -ский или -ин) и по геологии бытования можно предположить, что это фамилия крестьянского или мещанского сословия, оформившаяся в середине XIX века при массовой паспортизации.