Фамилия Сайканиди — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не славянское, а греческое. Ключ к разгадке — суффикс -иди, который характерен для фамилий греков Причерноморья и Малой Азии. В греческом языке этот патронимический суффикс (как русские -ов/-ев или -ин) означает «сын» или «потомок». Таким образом, основа фамилии — личное имя или прозвище Сайкан.

Что могло лежать в основе имени Сайкан? Самая правдоподобная версия отсылает к турецкому или крымскотатарскому слову sıykan — «чистый», «очищенный». В среде греков, долгое время живших в Османской империи (понтийские греки, греки-урумы), турецкие заимствования в именах и прозвищах были обычным делом. Прозвище Сайкан мог получить человек опрятный, аккуратный, либо тот, кто занимался очисткой чего-либо — например, зерна или тканей.

Вторая, менее вероятная версия, выводит основу из тюркского глагола «сай» (колоть, пронзать). Тогда Сайкан могло быть прозвищем мастера по изготовлению колющих орудий (ножей, копий) или просто человека с острым языком. Но фонетически версия с «чистым» выглядит убедительнее, так как точнее совпадает с написанием.

Фамилия Сайканиди — яркий маркер греческого происхождения семьи, вероятно, из числа понтийских греков или греков, переселившихся в Россию (в Крым, Приазовье, на Кубань) в XVIII–XIX веках. Встречается она крайне редко, и её носители, скорее всего, сохраняют память о греческих корнях. В современной России фамилия может быть записана и в упрощённом варианте — Сайканидзе (с грузинским суффиксом), но исходная форма на -иди указывает именно на греческую традицию именования.