Фамилия Саймудинова — женская форма фамилии Саймудинов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он хранит ключ к происхождению. Основа фамилии — личное мужское имя Саймудин, что сразу указывает на её восточные, скорее всего тюрко-мусульманские корни. Имя это составное: первая часть «Сай» восходит к арабскому «сайид» (господин, потомок пророка), а вторая — «мудин» — искажённая или диалектная форма арабского же «дин» (вера, религия). Таким образом, Саймудин — это «господин веры» или «предводитель в делах веры», вариант более известных имён Сайфуддин или Саидуддин.

Фамилия образована по русской модели патронимического суффикса -ов/-ев, который присоединили к основе -ин. Получилась цепочка: Саймудин → Саймудинов (сын Саймудина) → Саймудинова. Такое оформление типично для народов, которые в XIX–XX веках массово получали русские фамилии через прибавление этого суффикса к отцовскому имени. В данном случае носители фамилии — скорее всего представители тюркоязычных этносов (кумыки, ногайцы, татары, народы Дагестана), где арабские имена с религиозным значением были особенно распространены среди духовенства и уважаемых людей.

Географически фамилия Саймудинова встречается в Дагестане, Чечне, а также среди кавказских народов, переселившихся в центральные регионы России. Встречается она нечасто, что говорит о её относительно локальном бытовании. Если предки носили имя Саймудин, это мог быть либо мулла, либо человек, получивший такое имя в честь почитаемого предка. В отличие от фамилий, образованных от профессий или прозвищ, эта фамилия прямо указывает на религиозный статус или уважение к носителю исходного имени.