Фамилия Сайнутдинова — женская форма фамилии Сайнутдинов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно он хранит ключ к происхождению. Основа здесь — арабское мужское имя Сайнутдин, которое в тюркской среде (особенно у татар и башкир) получило распространение через ислам. Имя составное: «сайн» (вариант «сайид») означает «господин», «предводитель», а «дин» — «вера», «религия». Вместе Сайнутдин переводится как «господин веры» или «глава религии» — типичный для мусульманского ономастикона комплиментарный антропоним, подчёркивающий благочестие.

Модель образования типична для русской адаптации тюркских фамилий: к основе Сайнутдин прибавили русский патронимический суффикс -ов, который закрепился у многих народов Поволжья и Приуралья ещё в XIX веке, когда шёл массовый учёт населения. Форма Сайнутдинова — это буквально «дочь (или жена) Сайнутдинова», то есть принадлежащая роду, основатель которого носил имя Сайнутдин.

Географически фамилия чаще всего встречается среди татар, особенно в Татарстане и Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически жили татары-мишари или тептяри. Встречаются и казахские носители, но там фамилия обычно оформляется как Сайнутдинов или Сайнутдинова без изменения суффикса — русская морфология в казахской среде прижилась слабее.

Любопытная деталь: в некоторых переписях конца XIX — начала XX века фамилию записывали с «и» после «с» — Саинутдинов. Эта вариация отражает диалектное произношение: в татарском языке начальный слог «сай» мог звучать как «саи» из-за редукции или под влиянием арабского написания. Современный вариант с «й» — результат более точной передачи звучания в русской графике.

Социальный контекст: предки Сайнутдиновых, скорее всего, не принадлежали к знати или духовенству, несмотря на высокое значение имени. У татар и башкир фамилии на -ов получали в основном крестьяне и ремесленники при переходе к оседлости. Имя Сайнутдин мог дать мулла ребёнку в надежде на благочестивую жизнь, а фамилия просто закрепила это имя за родом — без связи с реальным социальным статусом.