Фамилия Сайпанов — одна из тех, где основа не сразу поддаётся расшифровке. На первый взгляд, в ней слышится что-то восточное, и это верное направление. Модель образования простая: суффикс -ов указывает на русскую патронимическую форму (буквально «чей?» — сын Сайпана). Значит, всё упирается в личное имя Сайпан.

Имя Сайпан — тюркское по происхождению. Его можно разобрать на две части: «сай» и «пан». В тюркских языках «сай» означает «каменистый», «галечный», «русло реки», а «пан» (или «бан») — «господин», «владыка», «хозяин». Таким образом, Сайпан могло быть прозвищем или именем-пожеланием со значением «хозяин каменистого места» или «господин русла». Однако есть и другая, более прозаичная версия: «сай» в некоторых диалектах может означать «счет», «число», тогда имя приобретает оттенок «счетовод», «человек, ведущий учет». В любом случае, это имя не было каноническим христианским, а бытовало в среде принявших ислам народов Поволжья, Приуралья или Сибири.

Географически фамилия Сайпанов наиболее характерна для татар, башкир и казахов. Встречается она в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане. Это подсказывает, что предки носителя фамилии, скорее всего, были выходцами из тюркской среды, которые при присоединении этих земель к Российской империи получали фамилии по отцу. Интересно, что в некоторых документах XIX века встречается написание «Сайпановъ» с твёрдым знаком на конце — это орфографический артефакт, не меняющий сути.

Род занятий предков мог быть разным: от скотоводства и земледелия до торговли, если верить версии о «счетоводе». Но однозначно сказать, кем был первый Сайпан, невозможно — имя давали и простым кочевникам, и зажиточным хозяевам. Фамилия эта не относится к числу дворянских или широко известных, но её корни уходят в пласт тюркской ономастики, где личные имена часто описывали человека через его окружение или род деятельности.