Фамилия Сайпудинова — один из тех случаев, когда географическое происхождение говорит больше, чем морфология. Это женская форма мужской фамилии Сайпудинов, и почти со стопроцентной уверенностью можно сказать, что её корни ведут на Северный Кавказ, в первую очередь в Дагестан.

Основа фамилии — арабское составное имя Сайпудин (вариант написания — Сайфуддин). Оно распадается на две части: «сайф» (меч) и «дин» (вера, религия). В буквальном переводе имя означает «меч веры» или «меч религии». Такие имена с компонентом «дин» (например, Шамсудин, Нурудин, Саадулла) были широко распространены в мусульманских культурах, и в среде народов Кавказа они прижились особенно прочно. Имя Сайпудин давали мальчикам, желая им стать защитниками своей веры и общины.

Суффикс «-ов» в фамилии Сайпудинова — классический русский патронимический формант, который закрепился за многими нерусскими фамилиями в XIX–XX веках в результате документооборота Российской империи и советского учёта населения. Сама по себе модель «имя + -ов» указывает на принадлежность: «Сайпудинова» — дочь или жена Сайпудина. Однако в современном бытовании это уже не отчество, а наследственная фамилия.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий на «-ов», где ударение чаще всего падает на последний слог (Ивано́в), в фамилии Сайпудинова ударение, скорее всего, сохраняется на третьем слоге — Сайпуди́нова, что выдаёт её восточное происхождение. Встречаются варианты написания через «ф» — Сайфудинов, — но форма с «п» более характерна для дагестанских языков, где звук «ф» часто переходит в «п» из-за особенностей фонетики (так называемое «пэканье»).

Среди носителей фамилии много представителей аварского, даргинского и кумыкского народов. Фамилия не относится к древним русским дворянским родам и не фиксируется в дореволюционных родословных книгах центральной России — её история начинается с того момента, когда предок с именем Сайпудин попал в официальные списки, и его имя превратилось в фамильное прозвание для потомков.