Фамилия Сайженкова — женская форма фамилии Сайженков, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -а указывает на принадлежность женщине, а основа — на мужской вариант, образованный по типичной русской модели с суффиксом -ов. Этот суффикс, как правило, говорит о том, что фамилия произошла от имени или прозвища отца: Сайженков буквально значит «сын Сайжена» или «потомок Сайжена». В центре внимания — само прозвище Сайжен.

Слово «сайжен» — редкое и не зафиксированное в современных словарях русского языка. Скорее всего, это диалектная или искажённая форма. Самая вероятная версия: Сайжен — вариант прозвища Сайга (от тюркского «сайга» — дикая коза, антилопа) или Сазан (рыба). В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, где исторически сильны тюркские влияния, прозвища от названий животных были распространены. Человек с таким прозвищем мог быть быстрым, как сайга, или, наоборот, медлительным и крупным, как сазан. Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к глаголу «сажать» или «сесть» — например, прозвище Сайга могло означать «приседающий» или «сидячий» (в значении домосед). Суффикс -ен в прозвище Сайжен — уменьшительно-ласкательный или указывающий на признак, как в словах «стрижен» или «сужен».

Географически фамилия Сайженкова встречается в основном в центральной России и Поволжье, особенно в Самарской и Саратовской областях. Это подтверждает версию о тюркском корне, так как именно здесь проходили границы расселения кочевых народов и происходило смешение языков. Носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами, получившими прозвище за внешность или повадки. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия фиксировалась редко, что говорит о её локальном и недворянском происхождении.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить этимологию. Сайженков стоит в одном ряду с Сайгановым, Сазановым и Сайковым — все они имеют общую основу, связанную с животным миром или диалектными прозвищами. Если бы фамилия происходила от имени Савва или Савелий, мы бы видели формы вроде Савин или Савельев. Этого нет, поэтому тюркская версия остаётся основной. Таким образом, Сайженкова — это фамилия-прозвище, корни которой уходят в южнорусские степи, где смешивались славянские и тюркские обычаи давать имена по внешним признакам.