Фамилия Сажиганов образована от прозвища, связанного с процессом выжигания сажи или угля. В её основе лежит тюркский или диалектный глагол «сажиган» — «выжигающий», «опаляющий». Такое прозвище давали либо человеку, занимавшемуся смолокурением, углежжением, либо тому, кто работал с сажей в печном или кузнечном деле. В русских говорах слово «сажа» имело и переносное значение «грязь, копоть», поэтому прозвище могло закрепиться за неряшливым или испачканным человеком.

Фамилия относится к распространённому типу на -ов, но характерна для регионов с сильным тюркским влиянием — Поволжья, Урала, Западной Сибири. Вероятно, её носители — потомки татар, башкир или чувашей, перешедших на русский язык, либо русских, перенявших бытовые прозвища от соседних народов. Встречаются варианты написания: Сажиганов, Сажыганов, Саджиганов.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Сажин, Сажинов, Сажев — показывает, что Сажиганов стоит особняком: суффикс -ган указывает на причастие прошедшего времени в тюркских языках (ср. татарское «сажыган» — «сожжённый»). Это редкая модель для русских фамилий, что говорит о прямой фиксации прозвища, а не о поздней русификации.

Есть гипотеза, что фамилия восходит к имени собственному Сажиган (арабское или тюркское имя со значением «терпеливый»), но она менее убедительна: в документах XVII–XVIII веков подобные имена у крещёных татар встречаются редко, а прозвище по ремеслу — типичный случай. Точной даты первого упоминания фамилии нет, но в переписях XIX века Сажигановы фиксируются в Оренбургской и Уфимской губерниях.