Фамилия Себоян — одна из тех, что сразу выдают армянское происхождение, и её разбор стоит начать с суффикса. Формант -ян (в старой орфографии -янц) — самый распространённый патронимический показатель в армянских фамилиях, означающий «из рода такого-то» или «принадлежащий». Если убрать суффикс, остаётся основа Себо-, которая восходит к личному имени Сеп (Sēp) или Себ (Sēb).

Сам корень, скорее всего, тюркского происхождения. В османском и азербайджанском языках слово «seb» или «sebeb» означает «причина», «повод», но в роли прозвища оно могло закрепиться за человеком, который был зачинщиком или главным виновником каких-то событий. Впрочем, есть и другая версия: имя Сеп может быть сокращением от армянского Сепет (встречается в средневековых источниках), которое, в свою очередь, связано с греческим «себастос» — «почтенный», «августейший». Это редкий случай, когда армянская фамилия несёт следы византийского влияния.

Географически фамилия Себоян встречается преимущественно среди западных армян — выходцев из исторической Западной Армении (нынешняя восточная Турция). Многие носители этой фамилии оказались в диаспоре после геноцида 1915 года: в Ливане, Сирии, Франции, США. В современной России и Армении фамилия редкая, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы встретили Себояна, с высокой вероятностью его предки жили в регионе Вана или Харберда.

Интересная деталь: в русских документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать через «а» — Сабоян, особенно если носитель говорил на диалекте с аканьем. Это не ошибка, а отражение живого произношения, которое впоследствии закрепилось в метриках. Если ваша цель — найти корни, стоит проверять оба варианта написания.