Фамилия Сегёжа — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение напрямую связано с топонимом: река Сегёжа протекает в Архангельской области, в бассейне Онеги. Скорее всего, фамилию получил человек, который жил на этой реке или переселился с её берегов. В русской традиции такие «географические» фамилии на -а, -я часто давали выходцам из северных регионов, где топонимика изобилует финно-угорскими названиями.

Само слово «Сегёжа» имеет прибалтийско-финские корни. В нём легко угадывается основа «сег» (фин. seka — смесь, или карельское segi — ряска, тина) и гидроформант «-еж(а)», характерный для названий рек Карелии и Поморья (сравните: Водлозеро, Шуя, Кена). Таким образом, река Сегёжа могла означать «заросшая, илистая река» или «река со смешанным течением». Фамилия, образованная от такого названия, — свидетельство того, что предок носителя жил в суровом, но богатом водой крае.

Суффикса в привычном понимании в этой фамилии нет — это чистая основа топонима, перешедшая в фамилию без изменений. Такая модель встречается редко и характерна для поздних фамилий, которые закрепились за крестьянами или мещанами в XIX веке, когда фамилии часто записывали прямо по месту жительства без добавления -ов или -ин. Поэтому Сегёжа — не прозвище по характеру, а точный географический адрес предка.

Встретить фамилию можно почти исключительно на Русском Севере, особенно в Архангельской области и Карелии. Носителей мало, что делает её ценной для локальной генеалогии: если вы Сегёжа, ваши корни почти наверняка уходят в поморские деревни вокруг Онежского озера или реки Онеги. Других версий происхождения — от личного имени или профессии — для этой фамилии нет, топонимическая версия единственная и надёжная.