Фамилия Сеилбаев — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать в контексте казахской и, шире, киргизской ономастики. Основа фамилии — личное имя Сеилбай (варианты: Сейилбай, Сейлбай). Оно составное: первая часть «сеил» (или «сейил») восходит к арабскому «сайид» — господин, предводитель, почётный титул потомков пророка Мухаммеда. В тюркской среде это слово часто трансформировалось в «сейит», «сеит», а в казахском языке дало формы «сейіл», «сеил». Вторая часть «бай» — классический тюркский компонент, означающий «богатый», «хозяин», «господин». В дореволюционной кочевой культуре «бай» было не столько указанием на материальное богатство, сколько на состоятельность, самостоятельность, уважение в роду. Таким образом, имя Сеилбай можно перевести как «богатый потомок пророка» или «почтенный господин».

Модель образования фамилии проста и характерна для русификации тюркских имён в XIX–XX веках: к основе на согласный прибавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Получилось Сеилбаев — буквально «сын (или потомок) Сеилбая». Фамилия не могла возникнуть в среде русского крестьянства или духовенства, её носители — почти исключительно казахи. Географически фамилия тяготеет к южным и западным регионам Казахстана, где сильны родоплеменные традиции и чаще встречаются имена с компонентом «сейит».

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий на -ев, которые происходят от мирских имён или прозвищ, Сеилбаев несёт явный религиозно-социальный оттенок. Имя Сеилбай давали, скорее всего, в семьях, которые вели свой род от ходжей — потомков пророка, уважаемых в степи. Поэтому предки носителя фамилии могли принадлежать к привилегированной прослойке, не участвовавшей в обычных военных походах и освобождённой от некоторых податей. В советское время религиозный подтекст стёрся, и фамилия закрепилась как обычная патронимическая, но исходный смысл — указание на высокий статус основателя рода — сохранился в словообразовательной структуре.