Фамилия Сэканиа — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, и сразу бросается в глаза нерусская модель. Фамилия не имеет привычных для русского уха суффиксов -ов, -ин или -ский, а оканчивается на -иа. Это указывает на то, что перед нами фамилия, скорее всего, грузинского происхождения.

В грузинском языке фамилии часто образуются с помощью суффиксов, указывающих на принадлежность к роду или местности. Окончание -иа (как в фамилиях Гулиа, Данелиа, Шенгелиа) характерно для западной Грузии, особенно для Мегрелии. Оно означает «сын» или «принадлежащий к роду». Таким образом, Сэканиа — это «сын Сэкана» или «из рода Сэкана».

Основа «Сэкан» — это, вероятнее всего, личное имя или прозвище. В грузинской ономастике встречаются имена, образованные от названий профессий, качеств или местности. Точное значение имени Сэкан восстановить сложно, так как оно не относится к самым распространенным. Можно предположить, что оно связано с каким-то местным диалектным словом или прозвищем, которое закрепилось за родоначальником. В любом случае, для носителя фамилии Сэканиа ключевая подсказка — не русская, а грузинская, точнее мегрельская, традиция образования фамилий. Предки, носившие эту фамилию, скорее всего, жили в Западной Грузии и принадлежали к одному из местных родов, где фамилия передавалась по мужской линии, указывая на происхождение от конкретного человека по имени Сэкан.