Фамилия Секбаев — одна из тех, что сразу выдают восточное, скорее всего тюркское, происхождение. Она не вписывается в стандартную модель русских фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён или прозвищ, а стоит в ряду фамилий, пришедших из казахской, башкирской или татарской среды.

Основа фамилии — мужское имя Секбай. Оно составное, типичное для тюркской ономастики: первая часть «сек» (варианты — «сак», «сэк») восходит к древнетюркскому «сак» — «осторожный», «бдительный», либо к слову со значением «чистый», «отборный». Вторая часть «бай» — широко распространённый компонент, означающий «богач», «хозяин», «господин». В древности «бай» было не столько указанием на материальное богатство, сколько на статус, уважение, независимость человека. Таким образом, имя Секбай можно перевести как «осторожный богач» или «чистый господин» — имя-пожелание, которое давали мальчику, чтобы он вырос осмотрительным и состоятельным.

Русский суффикс -ев присоединился к тюркской основе по типу «чей сын?»: Секбай → Секбаев. Такая модель — стандартный способ адаптации нерусских имён в русскую фамильную систему в XIX–XX веках. Фамилия встречается преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане, а также среди казахов Западного Казахстана. Носители фамилии — потомки тех, кто носил имя Секбай, скорее всего, из среды степной аристократии или зажиточных скотоводов, поскольку компонент «бай» в имени указывает на принадлежность к социальной верхушке.

В ономастических справочниках фамилия Секбаев специально не разбирается, но её структура полностью соответствует модели, описанной в работах Б. Унбегауна и В. Никонова для тюркских фамилий на -ев. Спорных версий здесь нет: имя Секбай хорошо засвидетельствовано в тюркской антропонимике, а суффикс -ев — стандартная русская патронимическая приставка. Фамилия редкая, нераспространённая за пределами указанных регионов, что делает её носителей носителями довольно узкой локальной традиции именования.