Фамилию Секоненко стоит рассматривать в ряду украинских фамилий на -енко, которые в XVII–XVIII веках массово формировались в Поднепровье и на Слобожанщине. Суффикс -енко в украинской ономастике — типичный патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». То есть Секоненко — это буквально «сын Секона» или «маленький Секон». Но что скрывается за основой?

Здесь возможны два основных пути. Первый и самый прямой: основа «Секон» — это форма крестильного имени. В православных святцах есть имя Секон (от латинского Secundus — «второй»). Такое имя давали в семьях, где, например, второй ребенок носил это имя по церковному календарю. Фамилии от редких календарных имён — обычное дело, и Секоненко могло появиться именно так. Подобные примеры — Секонов, Секун, Секунда.

Второй вариант — прозвищное происхождение. В украинских говорах слово «секон» или «секун» могло означать человека, который «сечёт», то есть рубит, режет. Это могло быть прозвище мясника, дровосека или палача. Однако такая версия менее надёжна: прозвища с суффиксом -енко обычно образуются от личных имён, а не от глагольных основ в чистом виде. Скорее всего, перед нами именно патроним от имени Секон.

Географически фамилия Секоненко встречается преимущественно на востоке Украины и в южных областях России, куда шла миграция украинских крестьян в XIX веке. В списках казацкой старшины и реестровых казаков эта фамилия не фиксируется — значит, её носители относились к крестьянскому или мещанскому сословию. Никаких дворянских ветвей или известных исторических личностей с такой фамилией не обнаружено.

Таким образом, скорее всего, ваш предок по мужской линии носил редкое церковное имя Секон, а его дети стали Секоненками. Фамилия сохранила память об этом имени, которое сегодня почти не встречается в обиходе.