Фамилия Секутенко звучит для русского уха как южнорусская или украинская — и это верно. Её выдает суффикс -енко, который в XVII–XVIII веках был главным маркером фамилий на землях Гетманщины, Слобожанщины и Запорожья. В современной Украине фамилии на -енко носят около 15–20% населения, и Секутенко — одна из таких, хотя и не самая частотная.

Основа фамилии — Секут(а). Скорее всего, это прозвище, образованное от глагола «секти» (украинское «сікти») — рубить, сечь, хлестать. Прозвище могли дать человеку резкому, прямому в суждениях, либо тому, кто работал с рубящим инструментом: дровосеку, мяснику, портному. В украинских говорах «секута» иногда обозначало и бойкого, драчливого человека — того, кто «сече» словом или кулаком. Встречается и другая версия: от диалектного «секут» — так в некоторых регионах называли вид плети или кнута; тогда прозвище могло перейти на пастуха или возницу.

Словообразовательная модель проста: прозвище Секут(а) + патронимический суффикс -енко («сын Секуты»). Фамилия закрепилась в среде казачества и крестьянства — в реестрах Войска Запорожского и в метрических книгах Полтавщины, Черниговщины и Харьковщины XIX века такие фамилии встречаются регулярно. В отличие от дворянских фамилий на -ский, Секутенко — фамилия демократичная, без сословной привилегии.

Интересно, что фамилия почти не имеет вариантов с другими суффиксами. Секутов или Секутин встречаются редко и в основном в великорусских областях, а Секутенко — стабильно украинский тип. В документах XIX века иногда писали «Секутенок» (с утратой конечного -о под влиянием северных говоров), но это скорее исключение. В советское время фамилия распространилась по всему СССР вместе с миграцией сельского населения, но её ядро по-прежнему остаётся в левобережной Украине.