Фамилия Секвоя — случай настолько редкий, что её вряд ли встретишь в традиционных словарях русских фамилий. Словообразовательная модель здесь не типична для славянских языков: нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Основа «секвоя» отсылает к названию гигантского хвойного дерева, которое растёт в Северной Америке. В русский язык слово пришло из английского (sequoia) через научную ботаническую номенклатуру в XIX веке, когда дерево назвали в честь вождя индейского племени чероки Секвойи (Sequoyah), создавшего письменность для своего народа.

Скорее всего, фамилия Секвоя — искусственного происхождения. В российской традиции такие фамилии могли давать в духовных училищах или семинариях. В конце XVIII–XIX веков будущим священникам нередко присваивали «благозвучные» фамилии, образованные от названий растений, камней, античных героев или экзотических реалий. Секвоя, как символ величия и долголетия, могла стать фамилией выпускника семинарии, который хотел выделиться. Альтернативное объяснение — фамилия могла возникнуть у переселенцев или потомков людей, связанных с ботаникой или лесным делом, но в таком случае она должна была бы русифицироваться (например, Секвоев или Секвоин). Сохранение формы на -я указывает на книжное, неродовое происхождение.

С географией сложно: фамилия не зафиксирована в массовых списках, например, в базе данных «Мемориала» или реестрах распространённых фамилий России. Если она и встречается, то единично — в городской среде, возможно, у потомков интеллигенции. По социальному контексту: носитель такой фамилии почти наверняка получил её не от предка-крестьянина, а в результате акта наречения в учебном заведении. Это сближает её с фамилиями вроде Гиацинтов, Минералов или Пальмов — тоже семинарскими по происхождению.

Есть и маловероятная версия: фамилия могла быть переосмыслена из какого-то местного прозвища, но для этого нет лингвистических оснований. Корень слишком прозрачен и чужд для русской народной ономастики. Так что в девяти случаях из десяти перед нами — результат кабинетного творчества XIX века, когда имя вождя чероки стало названием дерева, а потом и фамилией человека, никак с индейцами не связанного.