Фамилия Селефоненков — редкий случай, когда основа не прочитывается с первого взгляда. Она явно образована от прозвища или имени, но какого именно — вопрос, на который у этимологов нет единого ответа. Самое правдоподобное объяснение: в основе лежит диалектное или искажённое «селефо́н» — вариант имени Силуан (лат. Silvanus, «лесной»). В русских говорах это имя переделывали в Селуян, Силуян, а в отдельных регионах — в Селефон. Суффикс -енк- указывает на украинское или белорусское происхождение: Селефоненко — «сын Селефона». Русский суффикс -ов добавили уже при русификации фамилии на территории Великороссии, что типично для переселенцев с юго-запада.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с греческим именем Селевк (древнемакедонский полководец). Однако в крестьянской среде, где фамилии чаще всего и возникали, имя античного героя — редкость. Поэтому «Селефон» как народная форма Силуана выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях — регионах, куда в XVII–XVIII веках активно переселялись малороссы. Суффикс -енк- в сочетании с русским -ов — яркий маркер такой миграции: человек мог писаться Селефоненко, а его сын или внук, переехав в великорусские губернии, уже получил фамилию Селефоненков.

Словообразовательная модель проста: основа Селефон + патронимический суффикс -енк- («маленький, потомок») + фамильный суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Селефо́ненков. Вариант с ударением на «е» (Се́лефоненков) возможен, но менее типичен для фамилий с суффиксом -енк-.

О социальном статусе первых носителей можно судить по основе: имя Силуан было распространено среди крестьян и духовенства, но не дворян. Значит, предки Селефоненковых — скорее всего, крестьяне или однодворцы (особый разряд южнорусских землевладельцев, не имевших дворянского статуса). Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет.

Резюмируя: фамилия Селефоненков — типичный пример «гибридной» ономастики, где украинская модель именования (на -енко) получила русское оформление. Её корень — редкое календарное имя Силуан, переработанное народной этимологией.