Фамилия Семегченко — редкий пример украинской фамилии, образованной не от распространённого имени или профессии, а от прозвища, которое, скорее всего, описывало внешность или поведение человека. Основа здесь — слово «семечко» или его диалектный вариант «семег» (в некоторых говорах так называли мелкое семя, особенно подсолнечное). Суффикс -енко (в украинской традиции — уменьшительно-патронимический, указывающий на «сына» или «потомка») прикреплён к корню, который сам по себе уже был уменьшительным. Получается двойная уменьшительность: сначала от «семя» сделали «семечко», а потом от этого прозвища — фамилию «Семеченко». Форма с буквой г в середине («Семегченко») — это диалектное или орфографическое искажение, характерное для южных и восточных регионов Украины, где «к» перед гласной могло озвончаться или писаться на слух.

Прозвище «Семечко» (или «Семег») в XVI–XVII веках давали не только любителям семечек, но и людям с мелкими чертами лица, невысоким ростом, или тем, кто занимался посевом, разведением растений. В казацкой среде такое прозвище могло быть ироничным — так называли человека, который «сыпал мелочь», то есть был скупым или, наоборот, щедрым до мелочей. Географически фамилия Семегченко (и её варианты Семеченко, Семиченко) тяготеет к Полтавщине и Слобожанщине — районам, где активно сеяли подсолнечник и где фамилии на -енко особенно распространены.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые в России часто указывали на принадлежность барину, украинские фамилии на -енко изначально были народными, «мужицкими» — их носили крестьяне, казаки, мещане. Семегченко — не дворянская, не священническая фамилия. Её носители, скорее всего, были свободными землепашцами или казаками, которые получили прозвище по бытовой, простой, но запоминающейся черте. Сейчас это фамилия, которая звучит как живой отпечаток украинского говора и быта XVII века, где человека называли не по отцу, а по его собственному «семечку» — маленькому, но своему.