Фамилия Сеогиенко — редкая и неочевидная, её происхождение не лежит на поверхности, и это как раз тот случай, когда стоит присмотреться к суффиксальной модели. Окончание -енко — классический украинский патронимический суффикс, указывающий на происхождение от отца: «сын такого-то». Он широко распространён на Левобережной Украине, особенно в Черниговской, Полтавской и Сумской областях. Следовательно, корень фамилии — прозвище или имя «Сеогий», от которого и пошёл род.

Самая правдоподобная версия — это искажённое в устной речи церковное имя Сергий (лат. Sergius). В украинской народной традиции имя Сергий часто редуцировалось до «Сергiй», а в диалектах с характерным «оканьем» или при быстром произношении могло дать форму «Сеогiй». Фамилия Сеогиенко тогда означает «потомок Сергия». Это типичная ситуация для фамилий, записанных «на слух»: писарь или священник фиксировал то, что слышал, не заботясь о каноническом написании имени. Подтверждение этой версии — существование фамилий Сеогин, Сеогiйчук, которые встречаются в украинских метрических книгах XIX века, хотя и в единичных количествах.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным прозвищем. В некоторых говорах юго-западной Руси «сеога» могло означать нечто вроде «секач», «рубака» (от глагола «сечь»), но это предположение лингвистически слабее, так как суффикс -ий в основе прозвища нехарактерен для украинской антропонимии. Скорее всего, перед нами именно народная форма христианского имени.

Географически фамилия тяготеет к Черниговщине и Полтавщине — областям, где в XVII–XVIII веках активно формировались казацкие фамилии на -енко. Социальный контекст: носители фамилии, вероятно, были из казацкой или крестьянской среды, а не из шляхты, так как шляхетские фамилии чаще оформлялись суффиксами -ский/-цкий или -ович. Таким образом, Сеогиенко — это не привозная и не искусственная фамилия, а живое свидетельство того, как народное произношение переработало церковное имя, закрепив его в наследственном родовом имени.