Фамилия Сеперенко уверенно указывает на украинское происхождение, что видно по характерному суффиксу -енко. В украинской ономастике этот суффикс в XVI–XVII веках стал главным показателем фамилий, обозначая потомка человека по имени или прозвищу: буквально «маленький», «сын» или «ученик» того, кто назван в корне.

Корень «Сепер» — самый интересный и неоднозначный элемент. Прямого и очевидного значения у слова «сепер» в украинском или русском языках нет. Здесь возможны две основные версии, причем одна из них значительно правдоподобнее другой.

Первая, самая вероятная, связывает фамилию с профессиональным прозвищем. В южных и западных говорах могло бытовать слово «сепер» или «сепёр», родственное польскому «saper» или немецкому «Säper» — то есть сапёр, военный инженер, специалист по подкопам и минным работам. Учитывая, что украинские земли долго входили в состав Речи Посполитой, заимствование военных терминов было обычным делом. Тогда предок носителя фамилии мог получить прозвище Сапёр (Сепер) за службу в инженерных войсках или за умение рыть землянки, колодцы, делать подкопы. Фамилии от военных чинов и профессий (Солдатенко, Казаченко, Пушкаренко) на Украине встречаются очень часто.

Вторая версия — от личного имени или прозвища, образованного от тюркского корня. В тюркских языках «сепер» может означать «войско», «армия» или «военный поход». Такое прозвище могли дать человеку, участвовавшему в походах, или, наоборот, мирному крестьянину в насмешку. Но эта версия слабее: тюркские корни чаще встречаются в фамилиях на -ов/-ев (Сеперов), а не на -енко, типично славянский суффикс.

Географически фамилия Сеперенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкасщине, где суффикс -енко был абсолютно доминирующим. В России она встречается редко, чаще всего как результат миграции украинцев в XIX–XX веках. Сословно предки Сеперенко с высокой вероятностью были казаками или крестьянами: именно в этих средах модель на -енко получила самое массовое распространение, вытеснив более старые формы фамилий.

Таким образом, фамилия Сеперенко — это «сын сапёра» или, если принять вторую версию, «сын воина». Первое толкование более надёжно и конкретно, оно связывает фамилию с реальной профессией, которая ценилась в военном деле.