Фамилия Сестоковчанин — редкий случай в русской ономастике. Её основа и суффикс сразу указывают на географическое происхождение: перед нами типичное «катойконимическое» образование, то есть фамилия, произведённая от названия жителя конкретного места. Суффикс -анин (в форме -чанин) в русском языке обозначает принадлежность к населённому пункту или территории: москвич — москвитянин, пскович — пскович, костромич — костромич, но с ударением на -анин. Здесь мы видим «Сестоковчанин» — житель Сестокова.

Корень «Сесток-» почти наверняка является искажённым или диалектным вариантом топонима Сестрорецк. Сестрорецк — город в Ленинградской области, известный с петровских времён как место оружейных заводов и курорт. В народной речи название нередко упрощалось: «Сестрорецк» превращалось в «Сестрок», а от него — в «Сестоково» или «Сестоков». Форма «Сестоковчанин» закрепилась за выходцем из этого села или городка. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -чанин чаще всего встречаются в северо-западных и центральных губерниях России, где было много поселений с названиями на -ово, -ево.

Менее вероятно, но возможно, что основа связана с личным именем или прозвищем Сесток (например, от слова «сесть» или диалектного «сесток» — брат, родственник). Однако суффикс -чанин в русских фамилиях почти никогда не присоединяется к личным именам — он исключительно топонимический. Поэтому версия с Сестрорецком остаётся основной.

Фамилия исключительно редкая. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она практически не встречается; единичные носители могли появиться в Петербургской или Новгородской губерниях. Сословно предки с такой фамилией, скорее всего, были государственными крестьянами или мещанами — жителями пригородных слобод, где селились мастеровые и работники заводов. Никаких известных исторических личностей с фамилией Сестоковчанин не зафиксировано, что только подтверждает её локальный, «однодворный» характер.