Фамилия Сетагян — почти наверняка армянского происхождения, и её разбор стоит начать именно с этой географической и языковой привязки. В русском языке она закрепилась через транслитерацию, но исходная форма — Սեթագյան — сохраняет армянскую словообразовательную модель.

Основа фамилии — личное имя Сетаг (Сетак). В армянском именослове это имя, скорее всего, восходит к библейскому Сифу (третьему сыну Адама и Евы) или к древнеармянскому слову «сет» (свет, сияние). Точная этимология неоднозначна, но оба варианта возможны: имя могло быть дано в честь библейского персонажа или как пожелательное, связанное со светом.

Суффикс -ян (-յան) — самый распространённый патронимический показатель в армянском языке, аналог русского -ов/-ев или -ин. Он образует фамилии, указывающие на принадлежность к роду: «Сетагян» буквально означает «из рода Сетага» или «потомок Сетага». Это типичная модель для фамилий, сложившихся в среде армянского купечества, ремесленников и крестьянства в XIX — начале XX века, когда массово закреплялись наследственные прозвания.

Важно отметить, что фамилия Сетагян не относится к числу древних аристократических армянских фамилий с суффиксом -уни или -янц. Она бытовая, демократическая — её носителями были, скорее всего, люди из среднего сословия: ремесленники, торговцы, земледельцы. Географически фамилия тяготеет к историческим областям Восточной Армении (современная Армения и Нагорный Карабах) и к армянским диаспорам, расселившимся после геноцида 1915 года.

В русском языке фамилия склоняется по правилам мужского рода (Сетагяна, Сетагяну) и не склоняется в женском варианте (Мария Сетагян). Ударение, как правило, падает на последний слог — Сетагя́н, что соответствует армянской акцентуации.