Фамилия Сетгофер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не связано со славянскими корнями. Это фамилия немецкого или австрийского происхождения, и её разбор стоит начать с географии: такие фамилии встречаются в России преимущественно среди потомков немецких колонистов, переселившихся в XVIII–XIX веках по приглашению Екатерины II. В Поволжье, на юге Украины и в Западной Сибири оседали выходцы из германских земель, и Сетгофер — характерный пример фамилии, указывающей на конкретное место.

Основа фамилии — топоним, то есть название населённого пункта. «Сет» (Seth) в немецком варианте может быть сокращением от имени собственного или частью названия местности, а «гофер» (hofer) — распространённый элемент в южнонемецких фамилиях, означающий «владелец хутора» или «житель хутора» (от Hof — двор, хутор). Таким образом, Сетгофер — это указание на человека из хутора Сет или из местности, где был двор, принадлежавший некому Сету. В немецкой традиции фамилии с суффиксом -er часто обозначали профессию или место жительства, и здесь мы видим именно второй случай.

Модель образования проста: основа (топоним) + суффикс принадлежности или происхождения -er. В русской адаптации фамилия сохранила оригинальное написание, что нередко для немецких фамилий, попавших в российские документы. Иногда встречается вариант Сетгоффер, с удвоенной «ф», но это, скорее, ошибка переписчиков. Склонение по падежам — как типичная мужская фамилия на согласный (Сетгофера, Сетгоферу), женская — не склоняется.

Социальный контекст: носители такой фамилии в Российской империи были, как правило, крестьянами или ремесленниками из немецких колоний. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано. После депортации немцев в 1941 году многие носители оказались в Казахстане и Сибири, и сегодня фамилия встречается среди российских немцев, но крайне редко. Спорных версий происхождения нет — лингвисты единодушны в немецкой основе, хотя точное место (конкретный хутор Сетгоф) не установлено из-за множества мелких топонимов в Баварии и Австрии.