Фамилия Сеубаев по своей модели — типичный представитель тюркских фамилий, распространённых у башкир, татар и казахов. Её основа — мужское имя Сеубай, которое в свою очередь образовано от арабского имени Саубан (или Савбан) с добавлением тюркского притяжательного компонента -бай («богатый», «хозяин», «господин»). Имя Саубан восходит к арабскому слову со значением «возвращающийся», «кающийся» — в исламской традиции так звали одного из сподвижников пророка Мухаммеда, вольноотпущенника, известного своей набожностью.

Русский суффикс -ев в фамилии Сеубаев указывает на то, что она оформлялась уже в русскоязычной среде или по русским документальным нормам — так фамилии тюркского происхождения адаптировались при записи в метрические книги, ревизские сказки или при получении паспортов. В исходной тюркской форме фамилия выглядела бы как Сеубай улы (сын Сеубая) или просто Сеубаев.

Интересная деталь: написание через «е» в первом слоге (Сеубаев, а не Саубаев) может говорить о региональных особенностях произношения. В некоторых башкирских и татарских говорах звук [а] в начале слова под влиянием мягкого согласного переходил в [е] — так имя Саубан превращалось в Сеубан, а отчество — в Сеубаев. Это не ошибка, а диалектная черта, закреплённая в документах.

Географически фамилия встречается преимущественно в Башкортостане, Татарстане, а также среди казахских родов. У казахов имя Сеубай (Сәубай) известно в среде племени аргын, где так звали одного из родоначальников. Таким образом, предки носителей фамилии Сеубаев — скорее всего, люди, получившие имя в честь религиозного авторитета, а затем закрепившие его как родовое прозвище. Никаких свидетельств о дворянском происхождении или принадлежности к духовному сословию у этой фамилии нет — она бытовала в крестьянской и военной среде, как и большинство тюркских фамилий Урало-Поволжья.