Фамилия Сейгарова образована от мужской формы Сейгаров, а та, в свою очередь, — от имени или прозвища Сейгар. В основе почти наверняка лежит тюркское имя Сейит (Сейд, Саид), означающее «господин», «предводитель» или «потомок пророка». В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском и казахском, звук [д] на конце часто переходит в [й] или озвончается, а аффикс -гар/-гәр — характерный словообразовательный элемент, который прибавляли к именам, превращая их в прозвища или родовые имена. Таким образом, Сейгар — это «человек из рода Сейитов» или «относящийся к Сейиту».

Модель фамилии — типично русская, с суффиксом -ов, адаптированная к женскому роду окончанием -а. Это указывает на то, что фамилия оформилась в среде, где русская административная система фиксировала родовые имена по отцу: «дочь (или жена) Сейгара». Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается она и у казахов, но с другим окончанием (Сейгарова), что говорит о поздней русификации документах.

Интересно, что фамилия обошлась без типичного для тюркских родовых имен суффикса -ин (как в фамилии Сейгарин). Вариант на -ов закрепился, вероятно, из-за того, что носители фамилии вошли в состав русского крестьянства или мещанства, где преобладала именно эта модель. В дореволюционных метрических книгах можно встретить написание «Сейгаров» с буквой «и» после «й» — как попытку передать долгий гласный тюркского оригинала.

Если искать более редкую версию, то можно допустить связь с диалектным тюркским словом «сейгар» — «счетчик», «переписчик» (от арабского «сайр» — движение, учет). Но это маловероятно: имя Сейит настолько распространено в исламской ономастике, что именно оно остается основным кандидатом. Предки носителей фамилии, скорее всего, были людьми, чтившими свое происхождение от духовных лидеров, но в быту — рядовыми земледельцами или ремесленниками.