Фамилия Сейсенкулова — одна из тех, что явно указывает на казахское или тюркское происхождение. Её основа — мужское имя Сейсенкул, которое состоит из двух частей: «Сейсен» и «кул». Первая часть восходит к арабскому «Сейсен» (иногда передаётся как Сейсан или Сайсан), что в переводе означает «красивый», «прекрасный» или даже «счастливый». Вторая часть — «кул» — в тюркских языках традиционно значит «раб» или «слуга», но в составе имён это слово утратило прямое унизительное значение и стало обозначать «слуга Божий», «раб Аллаха» — то есть подчёркивало смирение и религиозность. Таким образом, имя Сейсенкул можно истолковать как «красивый слуга Божий» или «счастливый раб Аллаха».

Суффикс «-ов» (в женском варианте «-ова») — это русский патронимический суффикс, который добавляли к фамилиям народов Российской империи при русификации документов. В казахской среде фамилии в современном виде стали массово фиксировать в XIX — начале XX века, когда имперская администрация вводила метрические книги и переписи. Мужская форма — Сейсенкулов, женская — Сейсенкулова. В самой казахской традиции отчество или фамилия могла бы звучать иначе, например, Сейсенкулұлы («сын Сейсенкула») или Сейсенкулқызы («дочь Сейсенкула»), но в русскоязычный документооборот вошёл именно вариант с суффиксом.

Географически фамилия Сейсенкулова чаще всего встречается в Казахстане, особенно в южных и центральных областях — Кызылординской, Туркестанской, Жамбылской. Это связано с тем, что имя Сейсенкул было распространено среди казахов, и носители фамилии, как правило, происходят из родов, традиционно кочевавших в этих степях. В России фамилия редка, но встречается в регионах с большим казахским населением — например, в Астраханской, Оренбургской областях или в Алтайском крае.

Особенность этой фамилии в том, что она не имеет русской или славянской этимологии, а целиком уходит корнями в исламскую ономастику. В отличие от многих фамилий на «-ов», которые образованы от прозвищ или профессий (Кузнецов, Попов), здесь мы видим чистое теофорное имя — то есть имя, связанное с религиозным чувством. Это делает Сейсенкуловых прямыми наследниками той традиции, когда имя давали не по ремеслу или внешности, а как пожелание духовной чистоты и божественной милости. Если искать аналоги среди русских фамилий, то по смыслу ближе всего будут такие, как Боголюбов или Богоявленский — хотя они и образованы по другой модели.

Споров о происхождении фамилии практически нет: все лингвисты сходятся на том, что это классическая казахская фамилия от мужского имени. Единственная путаница может возникнуть с написанием: в дореволюционных документах встречаются варианты Сайсенкулов, Сейсенгулов — из-за разного произношения гласных в диалектах. Но современная норма — через «е» и «к».