Фамилия Сейсонен — редкий для России пример, который, скорее всего, имеет карело-финское или прибалтийско-финское происхождение. Её основа — имя или прозвище Сейсо, а суффикс -нен — типичный патронимический (указывающий на принадлежность к роду) для финской и карельской ономастики. В Финляндии и среди ингерманландских финнов фамилии на -нен (например, Виртанен, Мякинен) столь же распространены, как у нас на -ов. Таким образом, Сейсонен буквально означает «из рода Сейсо» или «сын Сейсо».

С корнем Сейсо сложнее. В карельском языке слово «seiso» означает «стой» (повелительное наклонение от глагола «стоять»), но вряд ли фамилию дали в честь команды. Скорее всего, это русифицированная или адаптированная форма какого-либо финского имени или прозвища. Возможна связь с финским словом «seisoja» — «стоящий», что могло быть прозвищем рослого, статного человека или того, кто, например, работал стоя (сторож, часовой). Другая версия, менее вероятная, — происхождение от шведского имени Sej eller Sejfrid, которое через финский язык могло сократиться до Seiso.

Географически фамилия Сейсонен тяготеет к северо-западу России — Карелии, Ленинградской области (бывшая Ингерманландия). В метрических книгах XIX века такие фамилии встречаются у православных карел и финнов-лютеран. После революции и сталинских репрессий часть носителей могла переселиться вглубь страны, поэтому сегодня Сейсонен встречается и в Сибири, и на Урале, но остаётся очень редкой.

Примечательно, что фамилия не получила русского суффикса -ов/-ев: носители сохранили исходную форму, что указывает на относительно позднюю ассимиляцию (не ранее конца XIX века) или на сознательное сохранение национального корня. Встречаются варианты написания Сейсонен и Сейсоненн (с двойной «н»), но двойное «н» — ошибка, так как суффикс -nen в финском пишется с одной «н».