Фамилия Сейжанова с высокой вероятностью имеет тюркское происхождение, а её корень указывает на социальный статус или почётное прозвище предка. Основа «Сейжан» — это сложное имя, где первая часть «сей» восходит к арабскому «сейид» (господин, потомок пророка), а вторая «жан» (душа) — распространённый в тюркских языках, особенно в казахском, компонент, добавляющий ласкательный или возвышенный оттенок. Таким образом, имя Сейжан могло означать «благородная душа» или «господин души», что давалось человеку как знак уважения.

Суффикс «-ов-» в женском варианте «Сейжанова» указывает на русскую патронимическую модель, адаптированную для тюркских основ. В мужском варианте фамилия звучала бы как Сейжанов. Такая модель характерна для народов, долгое время находившихся в составе Российской империи: казахов, татар, башкир, где фамилии на «-ов» и «-ев» стали массово оформляться в XIX — начале XX века. Следовательно, предок носителя фамилии, скорее всего, был уважаемым человеком в своей общине — аксакалом, религиозным деятелем или просто человеком, которого за душевные качества прозвали «Сейжан».

Встречаемость фамилии Сейжанова географически привязана к Казахстану и прилегающим регионам России (Оренбургская, Астраханская области). Известно, что в казахском ономастиконе имя Сейжан встречается и как самостоятельное личное имя, что подтверждает версию об образовании фамилии напрямую от имени отца. Редкий компонент «сей-» в фамилии отличает её от более частотных казахских фамилий с «жан» (например, Жангалиев, Жанузаков), подчёркивая возможную связь носителей с потомками пророка или духовным сословием — ходжами.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться вариативно: Сейжанов, Сейджанов, Сейжановъ, что объясняется фонетической адаптацией арабского «сейид» через тюркское произношение. Сегодня фамилия остаётся относительно редкой, что делает её надёжным маркером родовой истории, уходящей в степную аристократию или мусульманское духовенство.