Фамилия Шаайя — редкий случай, когда написание подсказывает происхождение точнее, чем звучание. Двойная «а» в корне и конечное -ия почти наверняка указывают на неславянскую, скорее всего, тюркскую или кавказскую основу. В русском языке такое сочетание букв нехарактерно для исконных фамилий, поэтому её стоит рассматривать как русифицированную форму иноязычного прозвища или имени.

Скорее всего, фамилия восходит к тюркскому личному имени Шаай (Shaai) или к прозвищу, образованному от арабского «ша`и» — «поэт», «стихотворец». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, это слово могло обозначать человека красноречивого, сказителя или певца. Конечное -я в русской записи — типичное окончание, появившееся при переносе фамилии в документы: в оригинале фамилия могла звучать как Шаай, а в метриках её «подогнали» под склоняемую модель на -ия, как у фамилий типа Алия или Зия.

Другая, менее вероятная версия — связь с арабским корнем «ша`а» (хотеть, желать), но в фамилиях такие абстрактные значения встречаются редко. Также нельзя исключать, что фамилия — результат искажения более распространённых фамилий, например, Шагиев или Шабаев, но двойная «а» делает эту гипотезу слабой: подобные ошибки при записи почти не встречаются.

Географически фамилия Шаайя встречается в основном на Северном Кавказе и в Поволжье, в среде тюркских народов (татары, кумыки, ногайцы). Сословно предки могли быть как крестьянами, так и представителями мусульманского духовенства или ремесленниками — прозвище «поэт» не привязывало к определённому социальному слою. В дореволюционных документах фамилия почти не фиксируется, что говорит о её поздней письменной фиксации, вероятно, в советское время при паспортизации.

Для носителя фамилии Шаайя главная зацепка — корень, связанный с устным творчеством. Если верить этой версии, предок мог быть не просто мастером слова, а человеком, чьё прозвище закрепилось за родом как признак уважения к его дару.