Фамилия Шабанкова — это женская форма, а мужская, Шабанков, в свою очередь, образована от прозвища или имени Шабанок. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с основой «шабан».

Самый прямой путь — к тюркскому слову «шабан» (или «чабан»), которое означает «пастух», главным образом овечий. В южных и степных регионах России, где было сильно влияние тюркских народов, такое прозвище было понятным и распространённым. Предок-носитель фамилии мог быть пастухом, либо получить это прозвище за манеру поведения или внешность, ассоциирующуюся с пастухом (например, за густую, нестриженую бороду).

Однако есть и вторая, менее очевидная, но более редкая версия. «Шабан» может восходить к арабскому имени Шабан (или Шаабан) — это название восьмого месяца мусульманского лунного календаря. В некоторых тюркских и кавказских культурах мальчику давали имя Шабан, если он родился в этом месяце. В таком случае фамилия Шабанков — отчество от этого личного имени: «чей?» — Шабанков, то есть сын Шабана.

Словообразовательная модель проста: к основе «Шабан» добавился уменьшительный суффикс «-ок» (Шабанок), характерный для прозвищ в северных и центральных русских говорах, а затем уже патронимический суффикс «-ов». Суффикс «-к» в основе — это не женский род, а как раз указание на то, что прозвище было дано в уменьшительной форме: Шабанок, а не просто Шабан. Такая форма могла означать «младший пастух» или «сын Шабана».

Географически фамилия Шабанков (и Шабанкова) чаще всего встречается в регионах, где исторически было смешанное русско-тюркское население: в Поволжье, на Урале, в некоторых областях юга России. Это не дворянская фамилия — скорее всего, она принадлежала крестьянам или однодворцам (государственным крестьянам, нёсшим сторожевую службу на южных границах). Интересно, что в некоторых старых документах можно встретить написание «Шабанковъ» с твёрдым знаком на конце, что указывает на дореволюционное происхождение записи.