Фамилия Шабердиев — редкий пример того, как тюркское имя, пройдя через русскую фамильную модель, сохранило почти неизменным свой исходный корень. Она образована по стандартной для русских фамилий схеме: к основе «Шаберди» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Такую форму фамилия получила в среде крещёных татар, башкир или представителей других тюркских народов, которые входили в состав Российского государства и чьи имена адаптировали под русскую систему отчеств и фамилий.

Основа «Шаберди» — это сложносоставное тюркское имя, которое восходит к двум компонентам. Первая часть, «шаб», может быть искажением арабского «шаб» («юноша», «молодой») или же вариантом персидского «шаб» («ночь»). Вторая часть — «берди» — широко распространённый тюркский глагольный элемент, означающий «дал» (от глагола «бермек»). В целом имя Шаберди (или Шабберды) можно интерпретировать как «Бог дал юношу» или «Ночью данный», что типично для имён-пожеланий, которыми тюрки награждали долгожданных или родившихся в необычное время детей.

С точки зрения географии, фамилия Шабердиев тяготеет к Поволжью и Приуралью: она встречается у татар, башкир, а также у чувашей и мордвы, которые испытали сильное тюркское влияние. Встречается она и в Казахстане, что связано с миграциями татарского населения в XIX веке. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия фиксировалась в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях, причём носители её чаще всего были государственными крестьянами или мещанами, а не дворянами.

В русском языке у фамилии нет однокоренных «двойников» вроде Шаберов или Шабердин, что говорит о её локальном и, вероятно, недавнем (XVII–XVIII века) закреплении. Если сравнивать её с похожими по структуре фамилиями (Бикбердиев, Худабердиев), то Шабердиев стоит особняком из-за редкого первого компонента «шаб», который в других тюркских именах почти не встречается. Это делает фамилию ценной для ономастов: она сохранила архаичное или диалектное имя, которое в живой речи уже вытеснено более частотными вариантами.