Фамилия Шаблыкина — женская форма от Шаблыкин, а та в свою очередь образована от прозвища Шаблыка. В основе почти наверняка лежит глагол «шабалить» или существительное «шабалда». В русских говорах «шабалить» значит проказничать, озорничать, баловаться. «Шабалда» — это вертлявый, шаловливый человек, непоседа. Прозвище Шаблыка, скорее всего, дали живому, непоседливому ребёнку или взрослому, склонному к шалостям.

Суффикс -ин — один из древнейших в русской фамильной модели. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Шаблыкин, то есть сын Шаблыки. Такие фамилии особенно характерны для севера и северо-востока России, где -ин встречается чаще, чем -ов. Однако фамилия Шаблыкина не привязана к одному региону: её носители встречаются и в центральных областях, и в Поволжье.

Соблазнительно связать фамилию с тюркским корнем «шаблык» (свет, сияние), но для этого нет надёжных лингвистических оснований. Прозвищная модель от глагола «шабалить» объясняет и значение, и словообразование проще и убедительнее. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные образования описываются как типичные для русской ономастики: отвлечённое прозвище, отражающее характер или поведение.

Встречается также вариант Шаблыков — с суффиксом -ов. Обе формы образованы от одного корня, но разница в суффиксе может указывать на разную диалектную среду: -ин чаще на севере, -ов — на юге и западе. Шаблыкина — фамилия с прозрачной внутренней формой: она прямо говорит о предке, который, судя по всему, был тем самым «шабалдой» — не злым, а просто живым и озорным человеком.