Фамилия Шабсельс — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует обращения не к славянским корням, а к еврейской антропонимике. Это фамилия ашкеназского происхождения, образованная от мужского личного имени Шабсель, которое является уменьшительно-ласкательной формой от Шабсай (или Шабтай). Имя Шабсай, в свою очередь, восходит к древнееврейскому «шаббатай» — «рождённый в субботу» (в шаббат). В еврейской традиции давать имя по дню недели было распространено: суббота считалась благословенным днём, поэтому имя Шабсай было популярным.

Модель образования фамилии — патронимическая, но с характерным для восточноевропейских еврейских фамилий нулевым суффиксом. Фамилии на -с (Шабсельс, Абрамс, Беркс) часто передавали значение «сын такого-то» или просто «принадлежащий к роду такого-то». В данном случае конечное -с — это германизированный родительный падеж (от немецкого или идишского окончания), указывающий на принадлежность: «Шабселев» или «из семьи Шабселя». Такая форма особенно типична для фамилий, сложившихся на территориях бывшей Речи Посполитой (Польша, Литва, Беларусь, Украина), где в XIX веке при обязательной паспортизации еврейского населения использовали немецкие или польские канцелярские шаблоны.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где суффикс прямо указывает на отчество, здесь мы видим прямой перенос прозвища или имени отца без дополнительной славянской обработки. Корень «шаб-» (от «шаббат») встречается и в других еврейских фамилиях: Шабад (аббревиатура раввинского титула), Шапиро (от города Шпайер), но Шабсельс стоит особняком именно из-за уменьшительного суффикса -ель, который в идише придаёт имени ласкательный или фамильярный оттенок. То есть Шабсель — это не просто Шабсай, а скорее «Шаббатушка» или «субботний малыш».

Географически фамилия Шабсельс почти не встречается за пределами постимперского пространства. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её носители фиксировались преимущественно в черте оседлости: в губерниях Царства Польского, на Волыни и в Подолии. После эмиграционных волн конца XIX — начала XX века отдельные ветви осели в США и Аргентине, но фамилия осталась крайне малочисленной.

Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, относились к мещанам или купцам, реже — к ремесленникам. Среди еврейских фамилий на -с нет дворянских (в отличие от польских шляхетских фамилий на -ский), так что рассчитывать на аристократическое происхождение не приходится. Зато фамилия Шабсельс — редкий документ, сохранивший живую разговорную форму имени, которое в официальных записях чаще давали как Шабсай или Сабатай.