Фамилия Шафадияев — редкая и звучит непривычно для русского уха. Скорее всего, её корни ведут в тюркские или иранские языки. Основа «Шафади» или «Шафадий» восходит к арабскому имени «Шафи» (شفيع) — «заступник», «ходатай», «целитель» (один из эпитетов пророка Мухаммеда). В тюркской среде это имя часто приобретало форму «Шафадий» с добавлением персидского компонента «-ди» (от «дин» — вера), что даёт значение «заступник веры» или «целитель религии».

Суффикс «-ев» в фамилии — типичный русский патронимический показатель, который в XIX–XX веках массово добавляли к нерусским основам при оформлении фамилий в документах. То есть Шафадияев — сын Шафадия. Аналогичные фамилии (Шафиев, Шафиков, Шафигуллин) встречаются у татар, башкир и народов Кавказа, но форма «Шафадияев» встречается реже. Она характерна для регионов, где фамилии записывали по русскому образцу от полного трёхчленного имени: Шафадий + -ев.

Географически фамилия может указывать на выходцев из Дагестана или Азербайджана, где распространены имена с корнем «шаф» (шафкат — милость, шафа — исцеление). Встречается также у астраханских татар и в среде горских евреев, где имя Шафадий встречалось как вариант библейского Шафата («судья»). В любом случае, носитель фамилии — потомок человека, которого звали Шафадий, и это имя говорило о его религиозной или целительской роли в общине.

Фамилия не попала в массовые советские справочники, поэтому её носители — почти наверняка выходцы из небольшой локальной группы. Встретить Шафадияева можно в южных регионах России и странах Закавказья.