Фамилия Шафили — редкий пример фамилии, образованной не по стандартной русской модели с суффиксами -ов/-ев или -ин, а путём прямого заимствования основы. В русском языке она звучит как несклоняемая, что сразу указывает на её нерусское происхождение. Чаще всего такие фамилии встречаются у народов Кавказа и Закавказья, где распространена модель образования фамилий на -и, -ли, -дзе.

Скорее всего, в основе фамилии лежит арабское имя или прозвище «Шафи» (или «Шафиъ»), что значит «заступник», «ходатай», «целитель». В исламской традиции это одно из имён Аллаха, а также распространённое личное имя. Суффикс -ли в тюркских и кавказских языках (например, в азербайджанском, лезгинском, табасаранском) указывает на принадлежность к чему-либо или обладание признаком. Таким образом, Шафили можно перевести как «относящийся к Шафи» или «потомок Шафи». Это типичная патронимическая модель, где к имени отца добавляется суффикс, означающий «сын» или «из рода».

Второй, менее вероятный вариант — связь с арабским словом «шафиль» (в разных диалектах — «шафил»), которое может означать «посредник» или «просящий». Но лингвисты чаще склоняются к первой версии, так как суффикс -ли в фамилиях почти всегда указывает на происхождение от лица, а не на абстрактное понятие.

Географически фамилия Шафили тяготеет к Дагестану и Азербайджану. В России она встречается единично, в основном у представителей лезгинских и аварских народов. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем появлении в русскоязычном документообороте или о том, что первоначально она бытовала в устной форме, без письменной фиксации.

С точки зрения социального статуса, предки носителей фамилии Шафили могли быть как простыми крестьянами, так и духовными лицами, поскольку имя Шафи часто давали в семьях, связанных с исламским образованием. Однако точных данных о сословной принадлежности нет — фамилия слишком редкая и локальная.