Фамилия Шафонецкая звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Скорее всего, перед нами фамилия польского или западнорусского происхождения, образованная от топонима — названия населённого пункта. Основа «Шафон» или «Шафонец» могла быть названием деревни, местечка или усадьбы. Суффикс «-ецк-» (в женском роде «-ецкая») типичен для польской и украинской ономастики: так образовывали фамилии дворян и шляхты, владевших землёй или происходивших из конкретного места. Мужской вариант фамилии — Шафонецкий.

Корень «Шафон» вызывает вопросы. В польском языке есть слово «szafa» (шкаф), но оно вряд ли легло в основу фамилии. Более вероятно, что «Шафон» — это искажённое или адаптированное на славянской почве имя собственное, например, еврейское Шафан (от ивр. «шафан» — даман, или как вариант библейского имени) или немецкое Schaffon. В польских землях встречались названия вроде Szafonie, Szafonów, от которых и пошла фамилия. Учитывая, что фамилии на «-ский» в Речи Посполитой часто носили мелкая шляхта, предки Шафонецких могли быть однодворцами или землевладельцами в каком-то конкретном имении.

Женское окончание «-ая» (Шафонецкая) указывает, что в русской традиции фамилию закрепили в форме прилагательного. Это характерно для выходцев из западных губерний Российской империи, где польские фамилии русифицировали. Если искать географический след, то стоит обратить внимание на Волынь, Подолье или Гродненщину — регионы, где польский топонимический пласт смешивался с украинским и белорусским. Однако точное место найти сложно: деревни с названием Шафонец не зафиксированы в современных атласах, но могли исчезнуть или измениться за последние столетия.

Есть и другая, менее вероятная, версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Шафоня, данного человеку, который шафонил — то есть суетился, шумел (от диалектного «шафонить»). Но для фамилии с суффиксом «-ецкий» топонимическое объяснение убедительнее. В любом случае, Шафонецкая — редкая фамилия, и её носители, скорее всего, имеют корни в западнорусском или польском дворянстве, которое после разделов Речи Посполитой оказалось в составе Российской империи.