Фамилия Шагимуратов образована от тюркского мужского имени Шагимурат. Первая из них – Шаги – представляет собой диалектный вариант имени Шах, которое в переводе с персидского означает «хан, повелитель; владелец, хозяин». Таким образом, потомок человека, которого звали Шагимурат, со временем получил фамилию Шагимуратов.