Фамилия Шагубатов происходит от имени Шагубат. Согласно «Словарю армянских личных имен» Р. Ачаряна, имя Шагубат происходит от персидского Шах-Кобад, что означает «царь Кубад». Шагубатовы — древний армянский род. В исторических документах упоминается под 898 годом Шахувит ишхан (повелитель) Аснигии. Не позднее второй половины XVI века представители рода перешли на службу к грузинским царям, от которых они получили наследственное мдиванство (секретарство). В 1823 году за Шагубатовыми было признано действительное дворянское достоинство Российского Империи. Род Шагубатовых был внесен в первую часть дворянской родословной книги Тифлисской губернии. Все эти компоненты первоначально означали «из семьи таких-то» или «из рода таких-то». Таким образом, человек, предка которого звали Шагубат, со временем получил фамилию Шагубатов.