Фамилия Шахбудинова — женская форма, образованная от мужской фамилии Шахбудинов. В основе лежит сложное арабское или персидское имя, которое пришло в русский язык через тюркское посредничество. Корень здесь двойной: «шах» (в переводе с персидского — «царь», «владыка», «господин») и «будин», восходящее к арабскому «буддин» («вера», «религия»). В буквальном смысле имя Шахбудин означает «царь веры» или «господин религии». Это типичное для мусульманского мира теофорное имя, прославляющее религиозное благочестие.

Суффикс -ов (в женском варианте -ова) указывает на русскую модель образования фамилий. В конце XIX — начале XX века, когда народы Кавказа, Закавказья и Средней Азии активно входили в состав Российской империи, многие носители тюркских и иранских имен получали фамилии по отцовскому имени с добавлением русского суффикса. Так имя Шахбудин превратилось в фамилию Шахбудинов, а затем и в женскую форму Шахбудинова.

Носительницы этой фамилии — потомки человека по имени Шахбудин. Скорее всего, предки были мусульманами, жившими на территории исторического расселения тюркских народов: в Дагестане, Азербайджане, среди татар или народов Средней Азии. Географически фамилия чаще всего встречается в регионах с преобладанием ислама, особенно в Дагестане, где распространены имена с корнем «шах». Социальный статус предка мог быть разным — от сельского муллы до зажиточного крестьянина или ремесленника, но само имя указывает на то, что в семье ценили религиозные добродетели.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Шахбудинова несёт в себе прямой отсыл к личному имени, которое давали с надеждой на высокий духовный статус. Редкость фамилии объясняется не столько уникальностью корня, сколько сочетанием двух престижных компонентов — «шах» и «дин», что делало имя не самым частым в быту. Сегодня фамилия может писаться с разными окончаниями в зависимости от региона и языка, но основа остаётся неизменной.