Фамилия Шахновецкий начинается с географического корня, а не с личного имени или прозвища. Её основа — «Шахнов» или «Шахново» — название населённого пункта, скорее всего, местечка или села в черте бывшей Речи Посполитой (современные Беларусь, Украина, восток Польши). Суффикс «-ецкий» (в менее русифицированной форме «-овецкий») типичен для фамилий, образованных по модели «название места + -ский/-цкий», то есть «тот, кто родом из Шахнова». Сравните: Заблоцкий (из Заблотья), Островецкий (из Острова). Сдвиг ударения на последний слог — «Шахновéцкий» — характерен для польской и западнорусской традиции произношения.

Сама топонимическая основа, «Шахнов», восходит, скорее всего, к тюркскому имени или титулу «шах» (персидское «царь, владыка»). В белорусских и украинских землях XVI–XVII веков встречались поселения, названные по имени владельца или первопоселенца с таким прозвищем — Шах, Шахно. Например, известен род Шахновских герба Остоя, который вёл происхождение от татарского мурзы, принявшего христианство. Фамилия Шахновецкий могла возникнуть как ответвление этого же гнезда: не «из рода Шахновских», а «из Шахнова». То есть предок носителя — не обязательно шляхтич, а крестьянин или мещанин, который просто жил в этом селе или переехал оттуда.

Вторая, менее вероятная версия, выводит корень из еврейской антропонимики: «Шахно» — вариант имени Исаак (Ицхак) на идише, через форму «Шахна» или «Шахн». Тогда Шахновецкий — «сын Шахны». Но против этого говорит типично славянский суффикс «-ецкий», который почти не встречается в ашкеназских фамилиях (там обычны «-ович», «-зон», «-ман»). Поэтому географическая версия убедительнее.

Реально зафиксированная форма фамилии — Шахновéцкий — указывает на польское или малороссийское влияние. На письме она могла выглядеть как Szachnowiecki (с «ie» после «w»), что подтверждает связь с топонимом «Шахново» (польск. Szachnowo). Носители фамилии встречаются в записях XIX века среди мещан и крестьян Подольской и Волынской губерний, а также среди потомков польской шляхты, но без высоких титулов. В современной России фамилия редкая, встречается в основном в Москве и западных областях — следствие миграций конца XIX — начала XX века.