Фамилия Шахобидинов — яркий пример того, как восточное имя, пройдя через русскую паспортную систему, обрело славянский суффикс. Её основа — арабское составное имя Шахобиддин (встречаются варианты Шахобиддин, Шахабиддин). Первая часть, «шах» (персидское «царь, владыка»), вторая — «обиддин» (арабское «поклоняющийся вере»). Вместе это означает «царь (господин) поклоняющихся вере» или, в более свободном переложении, «главный служитель религии». Имя это было распространено в среде мусульманского духовенства и знати Средней Азии, особенно в Бухарском эмирате и Кокандском ханстве.

Суффикс «-ов» — типичный русский патронимический показатель, который в XIX–XX веках массово добавляли к фамилиям народов, вошедших в состав Российской империи. В данном случае он превратил сложное арабское имя в фамилию по модели «чей?» — Шахобидинов, то есть «потомок Шахобиддина». Это же явление мы видим в фамилиях Абдуллаев, Каримов, Рахимов: местное имя плюс русский суффикс.

Географически фамилия Шахобидинов почти наверняка привязана к Узбекистану, Таджикистану и прилегающим регионам. В России она встречается редко, в основном у выходцев из этих республик. Носители фамилии могли происходить из среды городских ремесленников, торговцев или духовных лиц — имя Шахобиддин давали не случайно, а с ожиданием, что ребёнок будет набожным или уважаемым человеком.

Любопытная деталь: в дореволюционных документах фамилию могли записывать иначе — Шахабидинов или Шахобидиновъ, с твёрдым знаком на конце. После реформы орфографии 1918 года написание унифицировалось, но в старых метрических книгах или списках купцов можно встретить эти варианты. Сегодняшняя форма закрепилась в советских паспортах 1930-х годов, когда проводилась массовая паспортизация населения Средней Азии.