Фамилия Шахупов — редкий пример, где основа, скорее всего, тюркская, а суффикс — русский, причём не самый распространённый. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, здесь мы видим суффикс -упов. Он встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный, но в данном случае он присоединён к основе «Шахуп», которая сама по себе не является стандартным русским именем.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово «шах» (вождь, правитель, шах) в сочетании с аффиксом или частью другого слова. Например, «шахуп» могло быть искажённым «шах-уба» (владетель, хозяин) или производным от имени Шах-Убайд (где «Убайд» — арабское имя «маленький раб Божий»). В русской среде такое прозвище давали человеку, который был заметен, командовал или просто носил восточное имя. Суффикс -ов привёл бы к форме Шахупов, но здесь -уп- — это часть основы, а не суффикс.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически было сильное татарское или башкирское влияние: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища в конкретной деревне или роде. Сословно предки могли быть как служилыми татарами, так и крестьянами, получившими фамилию при переписи по прозвищу.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шахов, Шахматов, Шахурин) показывает, что Шахупов стоит особняком: он не вписывается в типичные модели «имя + -ов» или «прозвище + -ин». Это указывает на то, что основа была осмыслена как цельное слово, а не как имя Шах с суффиксом. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования с тюркской основой и русским окончанием -ов разбираются, но Шахупов — как раз пограничный случай, где граница между основой и суффиксом размыта.