Фамилия Шаклинскас — редкий для русского уха пример литовской фамилии, записанной в русифицированном варианте. Её основа — литовское слово šakalas (ветка, сук). В литовском языке существует ряд фамилий, образованных от этой основы: Šakalys, Šakalis, Šakalavičius. Форма Шаклинскас — это нестандартное, возможно, искажённое при переносе в русскую среду окончание. Типичный литовский суффикс -inskas (или -iškis) указывает на происхождение от названия местности или на принадлежность к роду. В данном случае перед нами, скорее всего, не -инск-, а наложение: корень šakal- + суффикс -inskas. Исходная литовская фамилия могла звучать как Šakalinskas или Šakališkis.

Значение фамилии прозрачно: предок мог получить прозвище по месту жительства — «тот, кто с Ветки» (название хутора или усадьбы), либо по внешнему признаку (высокий, худой, «ветвистый»). В литовской ономастике прозвища, связанные с частями дерева, встречаются часто, но обычно они указывают не на профессию, а на характер или телосложение.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Литвы и к бывшим территориям Виленской губернии, откуда в XIX веке происходил массовый отток литовского населения вглубь России. Встречаемость Шаклинскас в современных базах крайне низкая: это фамилия, которая почти не вышла за пределы одного-двух родов. В русском языке она закрепилась с окончанием -ас, что типично для литовских фамилий мужского рода в именительном падеже (ср. Бараускас, Садаускас). При склонении по-русски её часто воспринимают как несклоняемую, хотя по литовским правилам она склоняема: Шаклинскаса, Шаклинскасу.

Социальный контекст: носители фамилии — почти наверняка потомки литовских крестьян или мелкой шляхты, не имевшей герба. В метрических книгах православных церквей западных губерний Российской империи такая фамилия могла записываться со множеством вариантов: Шаклинский, Шакалинскас, Шоклинскас. Единого написания не было до советской паспортизации.