Фамилия Шакпеду — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а тюркское или, с большей вероятностью, иранское. В русском языке она выглядит как искусственно застывшая форма, без типичных фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на её иноязычный корень.

Скорее всего, в основе лежит сложное слово или прозвище. Первая часть «шак» (или «шах») в иранских и тюркских языках часто означает «царь», «правитель», «господин» или просто усилительный элемент. Вторая часть — «педу» — может быть искажённым вариантом «бад» («плохой», «злой» на фарси) или «пир» («старец», «святой» в суфизме), либо же восходить к тюркскому «бед» («беда»). Таким образом, фамилия могла означать что-то вроде «царь-беда» (грозный правитель) или «господин-старец» (уважаемый духовный лидер). В любом случае, это не прозвище по ремеслу, а скорее характеристика или титул.

Географически фамилия могла возникнуть среди народов Кавказа, Закавказья или Средней Азии — регионов, где распространены сложные имена и прозвища, переходящие в фамилии без дополнительных суффиксов. В русские документы она могла попасть при записи переселенцев или при советской паспортизации, когда выходцам из этих регионов фиксировали фамилии в том виде, в каком их произносили.

Словообразовательный анализ показывает, что это не русская фамилия, а заимствованная. Носители фамилии Шакпеду в России, скорее всего, потомки выходцев из указанных регионов, а сама фамилия сохранила первоначальное звучание без адаптации. Других версий, например, от славянского корня, не существует — это очевидный случай иноязычного происхождения.